Historie ostrova Folegandros: dle legend je ostrov pojmenován po svém prvním vůdci Folegandrovi (syn krétského krále Mínoa). V této éře byl ostrov obydlen kmeny z Kréty a posléze Dóry. Za doby Féničanů byl ostrov nazýván Polikantros, což lze volně přeložit jako ,,skalnatý,,. Ve středověku byl ostrov cílem nájezdů pirátů. V té době obyvatelé budují obrannou pevnost Kastro. Od roku 1204 ostrov okupují Benátčané, ostrov se stává součástí Vévodství Naxos. Od roku 1566 je ostrov pod nadvládou Osmanské říše. To trvá až do roku 1821. Stává se součástí Řecka a je využíván jako vězení pro politické odpůrce a to až do roku 1974, tj. do doby pádu řecké vojenské junty.
Během druhé světové války prošel Folegandros, podobně jako zbytek Řecka, obdobím okupace. Od roku 1941 jej spravují Italové. Po jejich kapitulaci v roce 1943 přeberou kontrolu nad ostrovem Němci. Kruté období války přináší úpadek a hladomor. Po konci války se ostrov velmi pomalu vzpamatovává z jeho útrap, důležitou roli hraje zemědělství.
Až v posledních letech je ostrov Folegandros objeven jako nedotčená turistická destinace s tradiční atmosférou a bez davů turistů.