Historie řeckého ostrova Mykonos sahá až do 3. tisíciletí př. n. l. Dle řecké mytologie byl ostrov pojmenován po hrdinovi Mykonovi, vnukovi boha Apollóna, který zvítězil v bitvě s Giganty. V antické době sloužil jako důležitá zásobovací základna pro blízký posvátný ostrov Delos. Po celou dobu svých dějin byl ostrov závislým na mořeplavbě. Stejně jako celá oblast i Mykonos byl po staletí pod nadvládou jiných národů. Nejdelším obdobím bylo ovládání Osmanskou říší.
Během 2. světové války byl Mykonos, stejně jako zbytek Řecka, okupován vojsky Osy. Místní obyvatelé vedli důrazný odboj a asistovali při lodní přepravě spojeneckých vojsk. Dne 15. srpna 1944 došlo ke mstě, která vedla k tragické události, kdy bylo 11 členů odboje veřejně popraveno na místním náměstí. Válečné období značně poškodilo místní tradiční vinařství, které bylo po válce definitivně ukončeno. Po 2. světové válce následovalo v Řecku nestabilní období, které vedlo k občanské válce (1946 -1949).
Od 50. let 20. století se ostrov stal cílem umělců a intelektuálů. Stává se postupně turistickou destinací, která se následně stává zcela kosmopolitní a světově známou.