Lodní dopravu na ostrov Mykonos zajišťují hlavně trajekty z Athén (Pireus/Rafina, 2.5-5 hod) a okolních ostrovů jako Santorini, Paros a Naxos. Lodě kotví v přístavu Tourlos (New Port), což je cca 20 minut pěšky do centra hlavního města. Využít lze i kyvadlovou dopravu a taxi.