Skutečně zajímavé a pestré dějiny Malty počínají již v 5. tisíciletí př. n. l. , kdy dochází k prvnímu osídlení. Kolem 2000 př. n. l. byla Malta osídlena podruhé. Na ostrově se vystřídali Féničané, Kartágo, Řím, Byzanc, Arabové, Normané, vládci Aragonu a Kastilie, Johanité, Napoleon Bonaparte a nekonec i Britové.
Nejstarší chrámy a svatyně pocházejí již z období kolem roku 4 př. n. l. Objeveno bylo celkem 45 staveb z tohoto období, ovšem dochováno bylo pouze 5 z nich. Záhadou Malty je období kolem let 2 500 - 2 000 př. n. l., kdy bylo souostroví neobydleno. Náhlý zánik lidstva zde zůstává tajemstvím do dnešní doby.
Název ostrova Malta pochází z fénického slova maleth (nebo malet), v překladu „útočiště“ či „bezpečný přístav“. Féničané takto ostrov pojmenovali kolem roku 1000 př. n. l. vzhledem k jeho strategické poloze a řadě chráněných zálivů.
V 16. století je Malta sužována nájezdy Osmanů. Na popud krále Karla V. se ostrov dostává do rukou Johanitů (Maltézský řád). Jejich rolí je bránit Evropu před Turky. Jednou z největších bitev této doby byla bitva z 18. května 1565, kdy Malťané nastoupili proti výrazné osmanské přesile. Maltě se dostalo pomoci ze strany místokrále Sicílie García de Toledo. Po dlouhém obléhání a bitvách se Malta zcela nečekaně stáva vítězem.Toto vítězství dodnes zůstává zdrojem maltské národní hrdosti.
V roce 1 800 Maltu obsadí britská vojska ignorující usnesení Amienského míru (1802), a začleňují Maltu do své říše. Britové učinili z Malty vlastní vojenskou a námořní základnu, což skýtalo pracovní příležitosti pro místní obyvatele. Po nepokojích 7. června 1919 nakonec Britové uznají novou ústavu, která deklarovala, že vnitrostátní otázky řeší maltská správa. Po volbách roku 1930 Britové znovu autoritativně zasáhli a pozastavili i platnost ústavy.
V období 1.světové války Malta sehrává významnou roli pro britskou armádu. Během druhé světové války, od roku 1940, dochází k těžkému bombardování ostrova italským a německým letectvem. Tisícovky náletů obyvatelé Malty ustáli a pomoc přichází v roce 1943 vyloděním spojenců. Ostrov ale stale zůstává pod nadvládou Britů. Až 21. září 1964 Malta vyhlašuje samostatnost a to pod podmínkou, že britská námořní vojska budou oprávněna i nadále užívat maltské přístavy. Malta se prohlašuje republikou s voleným prezidentem jako hlavou státu, zůstává však členem britského Společenství národů (Commonwealth of Nations). Po roce 1984 dochází k odchodu britských jednotek a k proklamaci neutrality. Od 1. května 2004 je Malta členem Evropské unie.